香肠肠衣有天然和人造两种，天然用的是猪小肠或牛羊肠，人工的分为蛋白肠衣和塑料肠衣两种。除了塑料肠衣外其他的都可以食用。毛肠求购区分很简单塑料肠衣完全透明且由于其有伸缩性故香肠的两端都用金属卡扣封紧。肠衣的寄存环境通常需求在25℃以下枯燥、通风、避光处储存，不妥的运用会给腊肠的质量带来不良的影响。

肠衣在运用前或运用时被碰伤，重者会在灌肠或在过程中形成肠衣爆裂，轻者会在腊肠寄存或出售过程中因肠衣布局被损坏而使其阻隔性降低，腊肠会提早氧化蜕变或进入腊肠内部形成腊肠糜烂然后失掉食用价值。肠衣在高温、湿润的条件下储存会使腊肠变形、缩短率降低、标准发生变化。肠衣长时间的储存，因为储存条件的不齐备，会使肠衣变形，形成丢失，通常主张储存期为3个月。