人员净化
（1）换鞋-脱外衣-洗手-换洁净工作服-手-风淋或气闸
（2）外出鞋不能进，洁净室内不准穿拖鞋
（3）洗手和不采用手动
物料净化
（1）设置物料清洁室。
（3）物资外包装及包装材料不进洁净室，直接接触产品初包装应两层密封包装。
工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。
过滤装置性能
室内空气净化主要靠过滤装置，经过优良的过滤器可以保证向室内输送洁净空气。对5μm以上颗粒滤除效果达到99、99%以上，可有效去除空气中的各种颗粒，否则不能保证对微生物的洁净效果。
足够的换气次数
由于洁净实验室内人员及操作活动，可以不断产生尘埃和颗粒，这些颗粒需要不断的换气将其带走，如果没有足够的换气量，将会使室内颗粒浓度越来越高。
合理的气流组合
洁净实验室内的主要工作区处于洁净空气的上游方向，使得工作区域保持洁净状态。洁净室气流有层流（单向流）和乱流（非单向流）两个基本形式。层流洁净室自净能力强，涡流少，易保持洁净度；乱流洁净室涡流多，粒子在室内停留时间长，不适合高洁净度实验室。