选择合适的凝胶浓度，使组分得以充分的分离。通常靠近前沿的蛋白带分辨率不佳，所以应根据分子量与凝胶孔径的关系，灌制足够长度的凝胶，以使样品不会走出前沿。样品的蛋白水解作用也引起扩散而使分辨率降低。水解作用通常发生在样品准备的时候，系统中的内源性蛋白酶会水解样品蛋白，如果在缓冲液中加蛋白酶抑制剂可以减少这种情况的发生。
初的支持介质是滤纸和醋酸纤维素膜，目前这些介质在实验室已经应用得较少。在很长一段时间里，小分子物质如氨基酸、多肽、糖等通常用滤纸或纤维素、硅胶薄层平板为介质的电泳进行分离、分析，但目前则一般使用更灵敏的技术如HPLC等来进行分析。这些介质适合于分离小分子物质，操作简单、方便。但对于复杂的生物大分子则分离效果较差。
电泳技术就是利用在电场的作用下，由于待分离样品中各种分子带电性质以及分子本身大小、形状等性质的差异，使带电分子产生不同的迁移速度，从而对样品进行分离、鉴定或提纯的技术。 电泳过程必须在一种支持介质中进行。Tiselius等在1937年进行的自由界面电泳没有固定支持介质，所以扩散和对流都比较强，影响分离效果。于是出现了固定支持介质的电泳，样品在固定的介质中进行电泳过程，减少了扩散和对流等干扰作用。
操作注意事项
1.连接的气压不应大于145psi。
2.拆卸胶枪前，需先将气压管分离。
3.要操作顺利，每次施工后，应用密封胶生产商建议的溶剂抹去枪管内剩余密封胶。（不允许将胶枪浸泡在溶剂中）
4.施工时，枪管前端盖塞应经常紧闭。
5.施工完，请轻放胶枪，小心损伤前盖和后端消声器。
6.勿将枪口对准人。
7. 在连续工作过程中，胶枪每次停止工作时间一般不得超过5分钟，否则，应打胶到胶排出完为止。
8.高压胶管不得强行挤压、弯曲，防止影响胶枪正常工作。