医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
1. 胰腺疾病疑难病会诊中心简介：胰腺疾病疑难病会诊中心成立于2010年5月（全国早），汇聚我院10大科室，包括基本外科（胰腺组）、消化内科、肿瘤内科、内分泌科、超声科、病理科、放射科、放疗科、核医学科、麻醉科。各专科声誉跻身全国排行榜前列，曾获得国家科学技术进步二等奖，中华医学科技奖二等奖等多项荣誉。
2. 会诊疾病适应证：胰腺肿瘤或胰腺部位病变的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约基本外科（胰腺专业组）或消化内科、肿瘤内科、内分泌科、放疗科等门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周二上午问诊，下午会诊（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
1. 胸部疾病疑难病会诊中心简介：我院于2010年7月成立胸部疑难病会诊中心，汇聚7大科室，包括呼吸内科、胸外科、肿瘤内科、放射科、放疗科、病理科、核医学科。
2. 会诊疾病适应证：肺部或纵膈部位的疾病
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约呼吸内科或肿瘤内科、胸外科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周一下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
1. 结直肠肿瘤疑难病会诊中心简介：结直肠癌作为一种全身性疾病，需要有机、有序地结合手术、化疗、放疗、靶向等多种手段，在各学科医生合作下，可有效提升病情评估和个体化方案拟定的度，使患者在短时间内获得个体化方案，确保疗效，才能获得或延长生命。我院于2016年4月成立结直肠肿瘤疑难病会诊中心，汇聚10大科室，包括基本外科、肿瘤内科、肝外科、胸外科、放射科、放疗科、超声科、病理科、介入科、核医学科。
2. 会诊疾病适应证：结直肠肿瘤的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约基本外科或肿瘤内科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周五中午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；