工程保函是依据商务合同开出的，但又不依附于商务合同，是具有独立法律效力的法律文件。当受益人在保函项下合理索赔时，担保人就必须承担付款责任，而不论申请人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实，即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
另外，人民法院不支持当事人以下主张：
1.当事人以独立保函记载了对应的基础交易为由，主张该保函性质为一般保证或连带保证的；
2.当事人主张独立保函适用担保法关于一般保证或连带保证规定的。
预付款保函
又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。
功能：
履约保函 能满足企业之间履行工程合同方面担保的需要。
预付款保函 能满足企业之间偿还预付款方面担保的需要。
投标保函 能满足企业之间投标方面担保的需要。
维修保函 能满足企业之间履行维修责任方面担保的需要。
预留金保函 能满足企业之间归还预留金方面担保的需要。
税款保付反担保函 能满足银行开户的加工贸易企业在中国银行为其向海关出具税款保付保函后，出具以中国银行为受益人的反担保函的需要。
海关风险保证金保函 能满足企业因开展加工贸易为免向海关缴纳风险保证金提供担保的需要。