商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
农民工工资保函的作用
1、引入农民工工资担保制度，避免农民工工资拖欠，保障农民工的合法收益。
2、农民工工资保函是办理施工许可证的必要步骤，一般在办理施工许可证办理前办理。
3、农民工工资保函能替代建设方、施工方缴纳农民工工资保证金，减轻企业现金压力，为企业减负！
诉讼保函的作用主要体现在对于被告方自身的保护上。一方面，它可以保证被告方按时履行法院的判决；另一方面，还可以有效地降低被告方的违约风险。诉讼保函实际上是一种一定金额的保证金，涉及到诉讼案件中的赔偿、罚款、执行等事项，被告方在支付保证金之后，有了诉讼保函为证明，可以为自己减轻一定的法律风险。
关税保付保函主要用于下述情况：境外承包建设、境外展览、展销等过程中有关设备、器械等物品临时进入他国关境；国家相关进口商品减免税政策未明了前的相关货物进口；我国海关“先放后征”货物的进口，加快货物通关速度，避免货物滞港成本。