资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
履约保证金和投标保证金的区别
，提交主体不同。投标保证金由所有投标人提交；履约保证金仅由中标人提交。
第二，保证金的期限不同。投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交；履约保证金应在签定正式施工合同前提交；投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天；履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
第三，法律后果不同。没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理；提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金；没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。提交履约保证金方不履行合同，接受方可按合同约定没收保证金，并不以此为限；接受方不履行合同，须向提交方双倍返还履约保证金，并不以此为限。
第四，设立目的不同。投标保证金的目的是投标人在有效期内不能撤回其投标文件；一旦中标，必须在规定期限内提交履约保证金或签署合同。履约保证金的目的保证完全履行合同，主要要保证按合同约定的质量和工期条款履行合同。
借款保函是银行应借款人要求向贷款方开立的保证借款人到期归还贷款本息，否则由保证人进行赔付的书面担保文件。借款保函的担保金额一般为贷款总额及其利息之和，保函自开立之日起生效，至借款人偿清全部本利总和之日失效。保函的担保责任随借款人的偿还而自动递减。
预付款保函（advance payment guarantee）承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。