工程保函实际上是用保函代替保证金的一种做法。目前正大力向全国推行。
主要有投标保函、预付款保函、履约保函、支付保函、质量保函。
1、投标保函：即招投标过程中要求投标人提供银行出具的保函，以担保投标材料真实、中标后不会因不正当理由不订立合同。担保金额一般为招标价的3%。
2、预付款保函：即担保预付款会按照合同要求使用。通常施工企业提供一张预付款保函给业主（开发商、保函受益人），业主即拨付同等金额的预付款给施工企业。担保金额一般为合同价的10%-30%。
3、履约保函：即担保企业签订施工合同后，能按合同履约。担保金额一般为中标价或者合同价的10%-30%。
4、农民工工资支付保函：即担保业主或者施工企业不拖欠农民工工资。通常受益人是工程所在地社保局或者劳动局或者建设局。
5、质量保函：即工程竣工验收之后，担保工程质量不出问题。通常质量保函的期限是两年，担保金额为合同价的3%-10%。
如果您需要开具保证金保函，可以通过第三方担保机构在银行的授信额度出保函，或者自己去银行出保函。
种方式的好处是不用交保证金给银行，只需要支付担保公司一个手续费，很便宜。需要的资料有：招标文件、营业执照电子版即可，基本上当天或者第二天就可以出保函。第二种方式需要提供一大堆资料，然后银行进行初步审核，如果资料有问题，需要进行修改或者补充，审批通过后，需要交到银行保函额度的保证金，到投标结束后就可以解冻了。
保证金保函：
保证金保函是一种由保证人向受益人提供的书面承诺，保证在受益人要求保证人履行保证责任时，保证人将按照保函约定履行保证责任。保证金保函通常用于建筑工程、商品贸易、金融服务等领域，作为担保的一种形式，为受益人提供信用保障。
银行质量保函指的是在银行开一个对项目或者产品的质量的一个保证金的证明，一旦质量有问题，施工方或者供货方不给解决问题的话，甲方可以拿着质量保函到银行，直接得到赔偿。保函申请：1.申请人填写开立保函申请书或开立保函合同；2.申请人提交保证金或其他反担保；3.申请人提交合同相关的基础材料；4.申请人提交银行要求的其他相关开立保函所必需的材料。保函审核及开出：1.银行对客户资格、基础交易、相关材料审查；2.银行对客户的保证金或授信额度等抵押情况进行落实；3.银行审核保函的书面申请及保函格式；4.保函开出。
法律依据：
《人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》 条本规定所称的独立保函，是指银行或非银行金融机构作为开立人，以书面形式向受益人出具的，同意在受益人请求付款并提交符合保函要求的单据时，向其支付特定款项或在保函金额内付款的承诺。前款所称的单据，是指独立保函载明的受益人应提交的付款请求书、违约声明、第三方签发的文件、法院判决、仲裁裁决、汇票、发票等表明发生付款到期事件的书面文件。独立保函可以依保函申请人的申请而开立，也可以依另一金融机构的指示而开立。开立人依指示开立独立保函的，可以要求指示人向其开立用以保障追偿权的独立保函。
衍生问题：
履约保函和质量保函之间的区别之处在于哪里呢？
两者保证的内容是不一样：履约保函保证承包商按合同施工，质量保函保证的是建筑后期的维修。交保函的时间不一样：履约保函一般是签合同的时候，交给业主的；而质量保函是工程完成之后，交给业主的。保证的期限不同：履约保函一般是工程完工后一个月到半年之后失效；质量保函一般看合同保证的维修期限。
1、投标保函
由投保人为投标人向招标人提供，保证投标人按照招标文件的规定参加招标活动的担保。投标人在投标有限期内撤回投标文件或中标后不签订建设工程合同的，由担保人按照约定履行担保责任。
2、履约保函
由保证人为承包商向业主提供的，保证承包商履行工程建设合同约定义务的担保。如果承包商在履行合同过程中违约或者因故不能完全履约，保证人将赔偿业主因此遭受到的损失，或采取措施保证正常履约。
3、农民工工资支付保函
农民工工资支付担保是指担保人对业主或承包商支付民工工资义务的担保。一旦业主或承包商违约，不能按时、足额支付民工工资，担保人将代为支付(之后担保人再向业主或承包商追偿)，以保障(农)民工的合法权益。
4、预付款保函
由保证人为承包商向业主提供的，保证人对承包商履行扣还预付款义务的保证，是业主预先支付一定数额的款项以供承包方周转使用，保证承包方将这些款项用于指定工程建设和业主的资金而实施的担保。以防止承包商在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。
5、质量保函
也称为“维修保函”，是指应供货方或承建人申请，向买方或业主保证，如货物或工程的质量不符合合同约定而卖方或承建人又不能依约更换或修理时，按买方或业主的索赔予以赔偿的书面文件。
6、工程支付保函
又称“业主支付担保”，为保证业主履行工程合同约定的工程款支付义务，由担保人为业主向承包商提供。保证业主支付工程款的担保，实行业主支付担保可以有效地防止拖欠工程款现象的发生。
7、商品房预售资金监管保函
应房地产开发商申请，担保人签发以房地产开发商为被保证人，以当地房地产行政主管部门为受益人的履约保函，当发生房地产开发商违反当地政府规定事项时，由担保人进行赔偿。
8、售电保函
担保人为售电企业向电网出具的保证售电企业按照交易中心出具的结算依据，及时、足额与电网企业结算相关费用的书面文件。